Niconico动画

系统

    直至现在，Niconico动画并不容许用户直接上传至本网站，而是透过属同一公司的上传网站SMILEVIDEO获取视频片源，Niconico动画的机能本身只是为片源加上留言。
    直至β时期为止，Niconico动画是能对应YouTube的视频的，而事实上当时网站大部分的视频都是来自YouTube的。但是自从YouTube阻挡Niconico动画的连线后，β就结束服务，当以γ的名称重新开放时，Niconico动画则完全切断自己与YouTube的连线。然后作为代替，开设了SMILEVIDEO。另外，对于YouTube把从Niconico动画的连线阻挡的事件，YouTube至此亦没有任何公开解释，因此网络上出现很多不同的揣测，一些推测指出其原因是YouTube的服务器难以负荷大量的流量。
    其后在RC时期曾经对应另一网站AmebaVision的视频，但在2007年10月1日进行系统维护后，以运用上的原因终止了对此网站的对应。那是因为有在SMILEVIDEO上传多套违犯条约而被停止账号的用户，移到AmebaVision申请账号并上传视频。而且来自其他上载网站（如YouTube、SMILEVIDEO）比来自AmebaVision的多很多亦是原因之一。
    Nico鼓励用户上传时已先准备好预先编码的视频格式，截至2008年7月5日为止，免费和付费会员皆是支持H.264数字视频编解码器和AAC音频编码器。而Nico所上传的视频，并没有严格限制视频的长度，简单区分为普通会员一次可上传3GB，而白金会员则无限制，这也是在YouTube庞大的市占率下，仍能持续发展的原因之一。

使用

    Niconico动画用户可以上传、观看和共享视频。但是，与其他视频分享网站不同的是，评论是直接且同步出现在视频屏幕上。这弹幕形式的留言功能是Niconico最大的特征，用户可自由指定弹幕出现的时间、于视频上的位置、字体的大小、文字的颜色等。留言亦可以选择是从视频的右方移动到左方，或者是在一段时间内固定在特定位置。这功能使观看者能直接对视频发表评论，且产生与其他人创建一个共享的观看经验。Niwango公司的董事西村博之指出，Nico的氛围和文化背景较接近2channel或双叶频道，许多热门视频通常带有御宅族的味道，如日本动画、电脑游戏和流行乐。Nico视频亦有提供相关的类别标记，其中标签可由任何用户自由编辑，而不只是局限于上传者本人。每个视频可以拥有十几种标记类别，其中最多可以选择五个是锁定不更动，其他则可由任何用户自由编辑。通常这些标签不仅作为分类，也可用来评论文章、讽刺、幽默或其他与视频相关的内容。该网站亦有提供借由混合曲制成的MAD片，如组曲《NICONICO动画》。某些动画也会发布在在网站上，像是《Candy☆Boy》、《天体战士桑雷德》和《企鹅美眉》等。

弹幕

    弹幕是一种“评论功能（コメント機能）”，这也是Niconico动画最大的特色之一。评论在视频播放中按下按钮便会发送，成功的话3秒后就会显示在视频上。结果就做出了与一般评论不同，“超越实际时间，虚拟的时间共享”（管理层称之为“非同期Live”）的感觉。评论功能导入了时间的观念，使Niconico动画用户获得其他视频网站都没有的“观众一起参与”的感觉，并获取空前的成功。弹幕除了拿来发表意见外，也常拿来作为字幕、歌词或者解释，亦被拿来作“绘画”文字画，亦有称为“职人”的人在“试唱区（歌ってみた）”中加上字幕。至γ时代为止，输入留言是会显示用户的名称的，但因为大部分人认为像匿名论坛般才能自由发表评论，导致极少人在个人资料中加上自己的显示名称。因为这样，在RC服务开始的同时停止了弹幕中显示账号的功能。
    正常的留言都是由右流向左（曾经在2008年4月1日愚人节全面改为由左流向右），文字的颜色为白色。而指令功能就能更改留言的颜色、大小。使用方法是在留言栏的左边输入指令（如“ue”、“big”等），不同属性的指令亦能够共享。应用方面，此功能能够为视频造出字幕，当此功能加上特殊文字（Unicode）并且组合，更能造出巨大的形文字。
    一套视频的弹幕保存数目，1分00秒以内的话为100个，1分01秒至5分00秒以内为250个，5分01秒至9分59秒以内为500个，10分00秒以上的则统一为1000个。超出此数字的话就会以发送时间为优先，显示最新的留言。留言的显示数目在营运当初是没限制全部显示的，后来在2006年12月19日订立统一250个的限制，在2007年1月5日又改变为上述的三级制，直至现在。然而，Niconico动画间中亦会出现大量恶意用户利用标签、留言等方式，对其他人施诽谤或中伤的事件。对此，情形严重者营运商会施以删除手段，但总体收效甚微。
    另外针对不喜欢视频有文字流过的人，Niconico动画亦设有不显示弹幕的功能；默认为显示弹幕，且不显示弹幕的设置并不会记忆保存。

备忘录

    Niconico动画设有“我的备忘录”功能，它的功能类似于书签的列表，能让用户能保存特定时点的评论。所有用户都拥有能记录25部的视频，一个基本账户则可以拥有100个视频记录，而付费账号则能存档500部视频。我的备忘录可以有选择地是否公开和联结，如此一来就能做一个用户上传作品的列表；而观看“我的备忘录”时亦可以任意更改指定留言是否显示。

搜寻功能

    Niconico动画的搜寻功能可以视频的标题及说明作关键字搜寻，亦可以标签作搜寻的根据。搜寻结果根据上传日期、点击率及最新留言这些项目作升序或降序。

    2006年12月12日，Niconico动画开始提供实验性质的服务，称为“ニコニコ動画（仮）”。此时的Niconico动画只是将存储于YouTube上的视频，加上即时留言字幕的功能，本身并没有提供视频上载的服务，与YouTube也没有正式的关系。随着网站越来越流行，自2007年2月23日后，YouTube禁止Niconico动画访问其视频，于是Nico被迫关闭服务，但两个星期后Niwango公司推出自己的动画分享服务SMILEVIDEO。目前Niconico动画可以访问存储于SMILEVIDEO与Photozou等网站上的动画。2007年8月9日，Nico宣布可借由“移动电话来上传视频”，并和NTT DOCOMO与au签约。
    截至2010年3月31日，有上传过视频的Nico注册用户超过1670.0万名，此外还有约506.00万名的使用用户和77.2万名的付费用户。由于服务器的宽带有限，Niwango在高峰时段（约晚上7点至凌晨2时）会限制免费用户的访问量。由于该网站是于日本发布，Niconico动画的用户绝大部分是日本人，但据管理者统计，每日视频观看次数约有1%来自于中国台湾、0.5%来自于中国香港。这使得Niconico动画于2007年10月18日开始提供台湾版的服务，提供繁体中文使用接口、专用留言系统与Niconico市场。2008年7月，该网站亦出现了德语和西班牙语版本；也因此中国台湾的功能在这时有显著改善。2012年10月7日，开设英语版服务并以Nicovideo.jp取代原为英文版的Niconico.com，配备了新的播放器和翻译工具可以让用户把视频说明翻译成英语或中文。
    2012年4月27日，Niconico动画宣布即将改名为Niconico，以及引入“Zero”这一个版本以提高视频分辨率及进行改进 。

    Nico的主要收入分为三个部分：白金会员（付费会员）、广告和Niconico市场。付费会员和Niconico市场在过去仅提供给日本用户，非日本用户可借由PayPal或日本网站与国际JCB卡或WebMoney进行交易。此外截至2010年7月时，niconico市场服务也延伸到台湾版。

白金会员

    Niconico动画上传视频需注册账号，分为普通会员和白金会员（付费会员）。并接受信用卡、网络汇款及PayPal三种付款方式，白金会员能拥有较佳的连线速度和其他额外功能。截至2015年7月28日为止，Nico总计有超过250万名白金会员。
    台湾版曾推出三个月白金会员资格只要600元新台币的方案，期限一过若不再续约会自动恢复成普通会员。

广告

    NicoNico早期使用Google AdSense来提供话题广告和其他网络广告。2008年5月8日，Niwango宣布与雅虎日本合作，并计划改为搜索与雅虎相关的广告和其他服务，这也让Nico可以登上明显的搜索关键字，但目前Nico的移动版本上并没有广告进驻。

    虽然Niconico动画发展迅速，但自2008年1月，用户增加和总观看时间开始饱和，甚至有倒退的趋势。

著作权问题

    跟YouTube一样，Niconico动画也常被上传些被认为侵权或者是盗版的视频，且也有人在深夜时段上传色情视频。被指为侵权的短片在著作权持有人要求下，Niconico经过审查后亦会删除。
    2007年10月30日，日本音乐著作权协会（JASRAC）和Niwango宣布开始有伙伴关系，其中Niwango将支付其两成的收益给JASRAC作为著作权使用费。2008年7月2日，日本映画制作者联盟、日本动画协会、以及日本映像软件协会三团体，去信Niconico动画管理层Niwango，指出他们将加强管控其动画和相关内容，包括视频动画和MAD片等、并要求他们把包括MAD等侵权的动画尽快删除。这使得一些MAD制作者把MAD发布地点转移到另一视频共享网站Zoome，然而该网站亦已关闭。

系统不稳定问题

    相较于YouTube的稳定性与速度，Niconico动画普遍被认为系统负荷力非常不足，观看动画时卡顿与无法正常使用相关服务是经常发生的事，Niconico动画在这之后宣布会加强系统负荷力的消息，甚至在2018年进行大改版。直至目前为止，Niconico动画发生系统不稳定的状况才有所改善。

台湾版问题

    台湾版接口开放之后，因为粗劣的翻译（仍然充斥着许多日文，翻译成中文的部分也大多文法不正确）等问题而得到许多负面的批评；许多台湾用户仍宁愿使用日本版服务。

Niconico直播

    视频直播服务，简称“生放送”、“Nico生”等，于2007年12月25日开始提供服务。

Niconico频道

    类似电视频道的播放服务，于2008年12月5日开始提供服务。

Niconico静画

    插画发布服务，于2009年11月14日开始提供服务。

Niconico大百科

    类似wiki模式的ACG信息百科服务，于2008年5月12日开始提供服务。

Niconico市场

    Niconico市场是一个独特的广告系统，是Niconico动画日本版自2007年7月起开始，“以网络通贩与广告回复为基础的用户交流服务”。用户可以在每个视频页面下方会看到一广告处，会有与动画相关的商品图标，包括CD、DVD、书籍、人偶等；使用户除了浏览这些商品之外，还可以自由的进行编辑这些商品，也可以购买想买的的物品，用户亦由此知道商品有多少点击数和多少购买量。排名的购买数字是由透过Nico市场提供，商品的提供则有自Amazon.com、雅虎购物和多玩国手机情报区的服务。